El ábside central está ocupado por un retablo también barroco y policromado. También se sitúa muy cerca de éste, el altar mayor, perteneciente a las piezas de un antiguo púlpito que se encontraba en la cabeza de la nave central, y de éste, también procede el atril, perteneciendo esta pieza al pie del púlpito.

El material más utilizado es la piedra molinaza, que al exterior está aparejada de forma vista, mientras que en el interior está enlucida y permite una decoración al fresco. El suelo es de mármol rojo y blanco y la bóveda está decorada con molduras de escayola.La fachada principal consta de una parte flanqueada por dos pilastras sobre podium de orden toscazo que sostiene un frontón recto y quebrado, sobre el que se levanta una hornacina con la imagen de San Juan de la Cruz, coronada por un frontón curvo. Debajo de ésta se encuentra en escudo de la orden. Toda la parte central de la fachada se corona con un frontón triangular. También a ambos lados de la puerta, se encuentran dos vidrieras decoradas con motivos religiosos. Semejante a la puerta de la fachada principal, se encuentra la puerta falsa situada en la fachada lateral. Esta vez, dicha puerta, tiene también una parte flanqueada por dos pilastras sujetando un frontón recto, encontrándose en el centro de éste un símbolo con las iniciales de “IHS” y debajo de éste, un escudo de la orden.Esta iglesia, que en la actualidad tiene la función de Iglesia Parroquial, bajo el nombre de Ntra. Sra. Del Carmen, antiguamente recibía el nombre de Convento Carmelita de San Juan de la Cruz, perteneciendo dicha iglesia al convento desaparecido, que se encuentra en lo que es hoy el casino primitivo.Como hemos dicho anteriormente, esta iglesia parroquial formó parte de un antiguo convento. Fue fundado en 1967, siendo prior fray Sebastián de San Cayetano, que llegó a Montoro en la expansión carmelita durante el barroco, de los carmelitas del vecino pueblo de Bujalance. Dejó de ser convento en 1835 y utilizado como cárcel desde 1843, siendo transformadas sus dependencias de las originales, excepto el claustro, que, aunque muy transformado, aún se conserva. La iglesia, mantuvo su función litúrgica a lo largo del siglo XIX, hasta convertirse en parroquia en 1890, tomando la advocación actual. Durante la Guerra Civil, después de la desaparición de los frailes que aún existían, siendo estos otros más de las víctimas de este conflicto, esta iglesia fue utilizada como almacén de provisiones, por este motivo es por el que se mantienen imágenes de siglos anteriores de dicho conflicto bélico, también sirvió como refugio de personas, como la de un soldado, que ante el asalto de guerrilleros, se escondió detrás de la saya de la imagen, que aún está, de nuestra Sra. Del Carmen, que se encontraba en la hornacina central del retablo mayor, salvando así su vida. En la actualidad se mantiene como iglesia parroquial, esperando una restauración del órgano del coro y del retablo mayor.